تبلغ ميزانية مستشفى دار العجزة الإسلامية السنوية 12 مليون دولاراً أميركياً في السنة. تغطي وزارة الصحة العامة 40% من الميزانية العامة السنوية عبر مساهمتها في العناية بالمريض، أما الستين بالمئة المتبقية فتغطيها الهبات المقدمة من أصدقاء مستشفى دار العجزة الإسلامية وداعميها.